Značajni krajobraz Krka od skradinskog mosta do ušća je zaštićen od rujna 1968. godine. Posebno vrijedni dijelovi ovog prostora su Grad Skradin, Prokljansko jezero, koje je ujedno i drugo po veličini jezero u Hrvatskoj (11,5 km2) i kanal Sv. Josipa, na koji se nadovezuje Šibenski zaljev.

Na Prokljanskom jezeru nalazi se i mali otok Stipanac, koji je u rimsko vrijeme bio povezan s kopnom uz pomoć nasipa. U Prokljan se ulijeva rječica Guduča, čije je ušće važno u ornitološkom smislu. Danas je ovaj lokalitet po morfologiji i genezi tipičan rijas – potopljeni donji dio riječne doline.

Kanjon Krke je formiran u najvećoj mjeri u tercijaru, a nakon zadnjeg glacijala, krajem pleistocena prije 10 000 godina, podizanjem morske razine za oko 100 m dobiva današnji izgled. Cijeli prostor od Skradina do tvrđave Sv. Nikole predstavlja ušće rijeke Krke, tzv. rijas.